Durante los años siguientes, la publicación pasó por un período de inestabilidad en el que cambió de dueño en numerosas ocasiones. Finalmente, en 1880, fue adquirido por Agustín Edwards Ross, hijo de José Agustín Edwards y Juana Ross, y tercera generación de una familia de inmigrantes ingleses, salvándolo de una profunda crisis económica.

Edwards Ross se había hecho cargo de los negocios de su padre, un acaudalado empresario banquero, tras su muerte en 1878, a la vez que tenía una no poco despreciable carrera política (había sido diputado por Quillota, ministro de Hacienda de Balmaceda, senador por Valparaíso, presidente del Senado y ministro de Industrias, Obras Públicas y Hacienda del Presidente Jorge Montt). Por otra parte, fundó La Época, uno de los periódicos más progresistas de aquel entonces, el que contó con notables colaboradores como Rubén Darío, José Martí, el español Menéndez y Pelayo y los franceses Anatole France, Guy de Maupassant y Alfonso Daudet.

Por otra parte, su intervención en El Mercurio de Valparaíso fue notable. Lo adquirió en 100 mil pesos y, diez años después, sus pérdidas se habían convertido en utilidades, a la vez que era avaluado en cerca de un millón de pesos.

Tras su muerte, en 1897, tres de sus hijos varones, Agustín, Carlos y Raúl, se hicieron cargo del periódico, a quienes les encomendó en su testamento “seguir las líneas de conducta tradicionales del diario, de alejamiento de las luchas políticas enconadas, de constante servicio a la cultura y al progreso nacional y, sobre todo, con el ánimo de que sea El Mercurio un órgano adecuado para servir de moderador de las extremas pasiones cívicas que dividen a los hombres”.

Fue su hijo Agustín Edwards Mc Clure, entonces de 19 años de edad, quién heredó su afición por el periodismo y se hizo cargo de la empresa. Tan sólo tres años después de la muerte de éste, el 1° de junio de 1900, fundó El Mercurio de Santiago, además de Las Últimas Noticias en 1902, la revista Zig-Zag (1905), El Mercurio de Antofagasta (1906), El Peneca (1908), la revista de arte Selecta (1909), La Estrella de Valparaíso (1921), La Segunda de las Ultimas Noticias (que posteriormente se conocería como "La Segunda", a secas) en 1931, entre otras publicaciones.

Con el propósito de hacer de El Mercurio un diario moderno, Agustín Edwards Mc Clure viajó varias veces a Estados Unidos y a diversos países de Europa para adquirir las maquinarias más modernas e importar diversas innovaciones tecnológicas. Por otra parte, fue activo partidario del régimen de previsión para periodistas, del Colegio de Periodistas y del Código de Ética Periodística.

En 1941, fallece Edwards Mc Clure, por lo que es sucedido por su único hijo, Agustín Edwards Budge. Bajo su presidencia, El Mercurio consolidó su liderazgo en el periodismo nacional, a la vez que tuvo que enfrentar las difíciles condiciones planteadas a la prensa, producto de la restricción de papel durante la Segunda Guerra Mundial. Sin embargo, alcanzó a estar tan sólo 15 años a la cabeza del periódico, puesto a que falleció en 1956. Fue su hijo Agustín Edwards Eastman quien asume entonces la presidencia de El Mercurio, cargo que ocupa hasta hoy.

Durante su gestión, ha realizado una serie de modernizaciones tecnológicas y empresariales, a la vez que se ha incrementado la cadena regional de diarios con publicaciones como La Estrella de Arica, La Estrella del Loa, La Estrella de Iquique, El Diario Austral de Osorno, El Diario Austral de Valdivia y El Llanquihue, entre otros. En este mismo período, la empresa cambió sus oficinas centrales en Santiago de Chile, desde el edificio de Compañía a las actuales instalaciones de avenida Santa María.